وی با بیان "پرداختن به مسائل حاشیه‌ای فکر نمی‌کنم کار درستی باشد. اما با توجه به بحث‌های مطرح شده از سوی آقای ترکان  لازم می‌دانم به چند نکته اشاره کنم"، افزود: اولاً اینکه در چند سایت و برنامه زنده تلویزیونی آقای ترکان گفته‌اند که یک ساختمان به دانشگاه ایرانیان داده شده که این خبر کذب محض بوده و هیچ ساختمانی به دانشگاه ایرانیان اختصاص نیافته است و هرکسی که مدعی است، باید سند و مدرک ارائه کند.

معاون اجرایی محمود احمدی‌نژاد در دولت دهم اضافه کرد: علاوه بر آن برنامه‌ای که اخیراً در رسانه‌ها منتشر شده و آقای ترکان مدعی شده بود که ساختمانی متعلق به منطقه آزاد قشم در خیابان گاندی به نهاد ریاست جمهوری داده شده و این در حالی است که منطقه آزاد قشم هیچ ساختمانی در خیابان گاندی ندارد.

"اگر آقای ترکان مدعی چنین چیزی هستند، موقعیت و پلاک این ساختمان را که در خیابان گاندی است، منتشر کند. به‌عقیده بنده نکته دوم یک‌طرفه به قاضی رفتن است. خانه ایرانیان با دانشگاه ایرانیان متفاوت است، آقای ترکان که سابقه طولانی‌مدت اداری دارند، باید تفاوت بین این دو را بداند. خانه ایرانیان تفاهم‌نامه‌ای با مناطق آزاد دارد اما اینکه مناطق آزاد تعهداتی را نسبت به خانه ایرانیان دارد و آقای ترکان مرتب این مطلب را تکرار می‌کند، خانه ایرانیان نیز تعهداتی را نسبت به مناطق آزاد دارد.

وی تصریح کرد: یکی از تعهدات خانه ایرانیان به مناطق آزاد، جذب سرمایه‌های ایرانیان خارج از کشور به‌منظور رشد و توسعه تولید در مناطق آزاد است. این نکته‌ای است که خانه ایرانیان در تفاهم‌نامه‌اش با مناطق آزاد به‌عهده گرفته است  و خانه ایرانیان این تعهد را از طرق مختلف از جمله برگزاری نمایشگاه مناطق آزاد، معرفی پکیج‌های سرمایه‌گذاری و ... انجام می‌دهد.

بقایی با طرح  این پرسش "آیا جذب سرمایه‌گذاری ایرانیان خارج از کشور در مناطق آزاد کار اشتباهی است و مغایر با سیاست‌های جدید آقای ترکان است؟" افزود: من تصور نمی‌کنم چنین چیزی مد نظر باشد. فکر می‌کنم آقای ترکان کلی‌گویی و وقایع‌نگاری نادرستی انجام داده است. باید حقوقی و قانونی صحبت کرد و با توجه به سابقه طویل‌المدت اداری آقای ترکان،  باید مستحضر باشند که بیان مباحث مستلزم مبنای حقوقی است، و الّا هرکسی می‌تواند هرچیزی را زیر سؤال ببرد.

وی با بیان اینکه مشکل جناب آقای ترکان این است که مصوبات دولت و مناطق آزاد و قراردادها و توافقات آن را قبول ندارند؛ گویی دولت و یک عده اموالی را جابه‌جا کرده‌اند و ایشان در نقش یک کمیسر پلیس وارد شده در حال بازگرداندن آنهاست، به سخنان مطرح شده خود با ترکان در مراسم تودیع و معارفه اشاره و خاطرنشان کرد: البته من به آقای ترکان روز آخر که مراسم تودیع و معارفه ایشان بود، عرض کردم که آقای ترکان! با توجه به شناختی که بنده از روحیات شما پیدا کردم، خواهشمندم قبل از هرگونه پیش‌داوری در رابطه با اطلاعات منتقل شده به شما که بعضاً ممکن است غلط و نادرست باشند، با اینجانب تماس بگیرید.

بقایی با بیان این مطلب "بنده آماده همکاری با آقای ترکان هستم  تا در هر زمانی که اطلاعاتی غلط به ایشان داده شد، با راهنمایی‌های خود مانع از انحراف در بیانشان شوم"، تصریح کرد: اکنون هم مجدداً تأکید می‌کنم هیچ مشکلی با دولت جدید نداریم و هیچ‌گونه بحث سیاسی با مشاور محترم رئیس‌جمهور نداریم و هر زمان که ایشان اراده کنند حاضر به همکاری هستیم.

وی بر همین اساس اظهار داشت: تمامی اقداماتی که در مناطق آزاد صورت می‌گیرد بر اساس مصوبات و مقررات است. ما دیوان محاسبات در مناطق آزاد مستقر کرده‌ایم. در صورتی که در گذشته در مناطق آزاد دیوان محاسباتی وجود نداشته است. بنابراین تمامی مصوبات قانونی بوده و ایجاد جنجال و شبهه روی این مصوبات کار درست و صحیحی نیست و در شأن هیچ‌یک از ما نبوده. من تأکید می‌کنم که تا زمان مسئولیت جناب آقای ترکان هیچ‌چیز در مناطق آزاد تاراج نشده است.

بقایی در خصوص برخی مباحث مطرح شده درباره 16 میلیارد تومان نیز اظهار داشت: 16 میلیارد تومان مطابق قانون و مقررات بوده که به حساب دانشگاه بین‌المللی ایرانیان که یک دانشگاه غیرانتفاعی است واریز شده است و مطابق با تمام مقررات و ضوابط است، ولی پس از اینکه مشاهده کردیم حاشیه‌سازی‌های بسیاری پس از این انتقال صورت گرفت، این مبلغ را عودت داده و با انتشار یک نامه رسمی آن را به نهاد ریاست جمهوری برگرداندیم.

وی در پاسخ به این سؤال "گفته می‌شود با دولت  توافق کرده‌اید که یک میلیارد از 16 میلیارد تومان را برنگردانید و آن را برای کمک دولت به دانشگاه ایرانیان نزد خود نگه دارید"، گفت: اصلاً چنین چیزی صحت ندارد. کذب محض است و دقیقاً 16 میلیارد تومان عودت داده شده است.

دبیر پیشین شورای هماهنگی مناطق آزاد تجاری ــ صنعتی و ویژه اقتصادی با تأکید بر اینکه عودت 16 میلیارد تومان به‌دلیل حاشیه‌سازی‌های آن داوطلبانه بود و هیچ اجباری در کار نبوده است، افزود: این هم یکی دیگر از حاشیه‌سازی‌هایی است که هیچ‌گاه زوری وجود نداشته، چرا که تمامی این انتقال قانونی بوده و بنا بر مصوبات است و از محل ردیف کمک‌ها بوده و هیچ مشکل قانونی نداشته است و دولت می‌تواند به تمامی نهادها کمک کند.

بقایی خاطرنشان کرد: حتی ما به تعاونی مسکن دیوان محاسبات کمک کرده‌ایم و این ردیف کمک یک ردیفی است که در اختیار نهاد به‌عنوان یک مجموعه فرابخشی است تا نهاد با توجه به شرایط موجود این کمک را به هر سازمانی که نیاز دارد انجام دهد. حال این مجموعه می‌تواند فرهنگی، خیریه و یا دولتی هم باشد و بیشتر این کمک به مجموعه‌هایی داده شده است که جنبه غیرانتفاعی دارد، نمونه‌اش تعاونی مسکن دیوان محاسبات که یکی از مجموعه‌هایی بود که درخواست کمک داشت و پس از بررسی طبق مقررات به آنها کمک نمودیم.

وی در پایان گفت‌و‌گوی خود با خبرگزاری تسنیم در پاسخ به این سؤال "با توجه به اینکه هنوز معاون اجرایی آقای روحانی مشخص نشده و آیا شما هنوز در این سمت فعالیت می‌کنید؟" گفت: بنده از زمانی که نهاد ریاست جمهوری را به آقای نهاوندیان در سی‌ام مرداد تحویل دادم، خودم را در این بخش مسئول نمی‌دانم. تمامی اقدامات انجام‌شده بر اساس قانون است، لذا عزیزانی که با حاشیه‌نگاری هرگونه شبهه و ابهامی ایجاد می‌کنند، خواهش می‌کنم حقوقی صحبت کرده منطق را در دستور کار قرار دهند، چرا که در غیر این صورت می‌توان هرچیزی را زیر سؤال برد.