همچنین رئیس‌جمهور در حکمی معصومه ابتکار را به عنوان رئیس سازمان محیط زیست منصوب کرد. متن حکم رئیس جمهور به‌شرح ذیل است:

بسم اللّه الرّحمن الرّحیم

سرکار خانم دکتر معصومه ابتکار

نظر به مراتب تعهد، سوابق علمی و تجربیات مدیریتی، به‌موجب این حکم شما را به عنوان «معاون رییس‌جمهور و رییس سازمان حفاظت محیط زیست» برمی‌گزینم.

امید است با عنایات الهی و همکاری نخبگان علمی و همه دستگاه‌های ذی‌ربط، در خدمت به ملت شریف ایران و نظام جمهوری اسلامی با رعایت اصول قانون‌مداری، اعتدال‌گرایی و منشور اخلاقی دولت تدبیر و امید موفق باشید.

حسن روحانی

به گزارش خبرگزاری تسنیم، علی شمخانی در سوابق خود، وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح دولت هفتم و هشتم را داشته و هم‌اکنون نیز رئیس مرکز مطالعات راهبردی نیروهای مسلح و عضو شورای راهبردی روابط خارجی ایران است.

معصومه ابتکار نیز عضویت در شورای شهر سوم تهران و ریاست سازمان محیط زیست در دولت اصلاحات را در کارنامه دارد.