متن حکم رئیس‌جمهور بدین شرح است:

بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم

جناب حجت‌الاسلام والمسلمین مسیح مهاجری

نظر به مراتب تعهد، سوابق علمی و مطالعات اسلامی، به موجب این حکم شما را به عنوان «نماینده رئیس‌جمهور در دانشگاه مذاهب اسلامی» برمی‌گزینم.

امید است با عنایات الهی، در خدمت به ملت شریف ایران و نظام جمهوری اسلامی با رعایت اصول قانون‌مداری، اعتدال‌گرایی و منشور اخلاقی دولت تدبیر و امید موفق باشید.

حسن روحانی