پادشاه ایران و پادشاه عربستان به عنوان دو دست‌نشانده آمریکا در منطقه، هرکدام بخشی از مسئولیت‌های مبارزه با نفوذ اتحاد جماهیر شوروی در خاورمیانه را برعهده داشتند. ایران به عنوان ستون نظامی و عربستان به عنوان ستون تامین مالی. در این زمان در حالیکه به خاطر سر سپردگی هر دو حکومت به آمریکا اختلاف نظرهای سیاسی بینشان وجود نداشت، مناقشات مرزی و انرژی همواره در روابط دوجانبه دیده می شد.

   با پیروزی انقلاب اسلامی، حضرت امام خمینی از مردم کشورهای عربی منطقه خواستند تا علیه پادشاهان مورد حمایت آمریکا قیام کنند. این اقدام با واکنش این کشورها به‌خصوص عربستان سعودی همراه بود و منجر به حمایت این کشوراز رژیم بعثی عراق در جنگ تحمیلی علیه ایران شد. کشتار حاجیان ایرانی در سال ۱366 شدیدترین ضربه را به روابط دوجانبه وارد کرد و وخیم‌ترین دوران روابط بین دو کشور رقم خورد. بطوریکه امام خمینی در یکی از سخنرانی هایشان فرمودند:

" حتی در صورتی که احتمال بخشش صدام وجود داشته باشد، هیچگاه نمی توان خیانت عربستان سعودی به اسلام را فراموش کرد."

     اما اختلاف میان ایران و عربستان نزدیک به یک دهه است که کشمکش اصلی منطقه ای محسوب می شود. این کشمکش در منطقه ای شکل گرفته که جنگ نیابتی از عراق در شمال آن تا یمن در جنوب، بحرین در شرق و لبنان در غرب شعله ور است. مناقشه ی ایران- عربستان به اصل تعیین کننده اختلافات منطقه تبدیل شده است که ریشه در مسایل زیر دارد:

1- عربستان‌  معتقد است که ایران پس از سقوط حکومت پهلوی مدام در حال تلاش برای تغییر توازن قدرت در منطقه به نفع خود بوده است. این بینش پس از بیداری اسلامی در منطقه شدت گرفته است. کشورهای شورای همکاری خلیج فارس معتقدند آن دسته از قیام ‌هایی که در کشورهای حاشیه خلیج فارس رخ می‌دهد، همگی به پشتوانه ایران انجام می‌گیرد.

2- کمک‌های عربستان به عراق در جنگ ایران و عراق: عربستان صعودی درجنگ تحمیلی عراق علیه ایران همواره از صدام حسین دیکتاتور سابق عراق حمایت های مالی و تسلیحاتی کرده است .

3- در روز جمعه ۹ مرداد ۱۳۶۶ پس از آن که حجاج ایرانی در طی تظاهرات برائت از مشرکین، «شعار مرگ بر آمریکا» و «مرگ بر اسرائیل» سر ‌دادند، نیرو های امنیتی عربستان بر آنان آتش گشودند. در این تظاهرات ۲۷۵ تن از حاجیان ایرانی و ۴۵ تن از حاجیان دیگر کشورها کشته و شماری نیز زخمی شدند. پس از این واقعه، حکومت عربستان سعودی سفارتخانه خود را در تهران تعطیل و روابط دیپلماتیک خود با ایران را قطع کرد .این رویداد سبب ایجاد تنش اساسی در روابط ایران و عربستان سعودی شد.

4- در خصوص برنامه هسته‌ای ایران ریاض مدعی است توافق ایران- آمریکا در مسا له هسته ای راه را برای برداشتن تحریم های اقتصادی ایران باز می کند و نقش ایران در درگیری های منطقه ای بیشتر می شود. بر اساس اسناد منتشر شده ی ویکی‌لیکس، عبدالله بن عبدالعزیز، پادشاه عربستان سعودی خواستار حمله ی نظامی ایالات متحده امریکا به ایران و متوقف کردن برنامه هسته‌ای ایران بوده است. او در آوریل ۲۰۰۸ به ریان کروکر، سفیر ایالات متحده در عراق و ژنرال دیوید پترائوس گفته بود « سر افعی را قطع کنید»

5- طبق سندچشم‌انداز ۲۰ ساله جمهوری اسلامی ، ایران در سال 1404 باید قدرت اول اقتصادی، فرهنگی و سیاسی منطقه باشد که این موضوع به نوبه خود چالشی اساسی برای منافع منطقه ای وقدرت سیاسی این کشور نفتی و غیر صنعتی به وجود خواهد آورد.

6- حمایت ایران از گروه‌های مقاومت در مقابل رژیم صهیونیستی از جمله حماس و حزب‌الله موجب  تقویت جبهه مقاومت در برابر جبهه ی سازش شده است وعربستان سعودی از این موضوع به شدت احساس نارضایتی می کند .

7- تمایل عربستان به پایین نگهداشتن قیمت نفت جهت اعمال فشار برایران و جلب نظر آمریکا به عنوان یکی از بزرگترین واردکنندگان نفت در جهان نیز همواره از موارد ایجاد تنش در روابط طرفین بوده است.

8- جنگ سوریه و حمایت عربستان از تروریست ها : وزن جغرافیایی سوریه در مشرق و خاورمیانه از گذشته تعیین کننده بخش عمده ای از توازن قوا ی منطقه ای بوده است و امروزه جنگ درسوریه سرنوشت  این موضوع را تعیین  می کند. عربستان سعودی قصد دارد با حمایت از تروریست ها در سوریه سرنوشت جنگ را به نفع خود تغییر دهد که این مساله موجب گسترش تروریسم و افراط گرایی در منطقه شده است .

9- نزاع بر سر نام خلیج فارس : با وجود مدارک تاریخی در خصوص نام خلیج فارس، برخی کشورهای عربی به ویژه عربستان اصرار می کنند نام این منطقه خلیج عربی است. درباره نام خلیج فارس تا اوایل دهه ی۱۹۶۰ میلادی هیچ گونه بحث و جدلی در میان نبوده و در تمام منابع اروپایی و آسیایی و آمریکایی و دانشنامه ‌ها و نقشه‌ های جغرافیایی این کشورها نام خلیج فارس در تمام زبان ‌ها به همین نام یاد شده ‌است.

10- قرار گرفتن ایران شیعی مذهب در کنار کشورهای سنی مذهب حوزه خلیج فارس همواره یکی از عوامل اختلاف نظر و نزاع بین طرفین بوده است. این اختلافات همواره مد نظر ایالات متحده بوده و موجب ایجاد بی اعتمادی و بیشتر کردن فاصله میان طرفین شده است. در این بین جمهوری اسلامی همواره سعی داشته با برقراری رابطه با کشورهای امارات متحده عربی و عمان از میزان اختلاف نظرها بکاهد.

11- افزایش نفوذ ایران در عراق و ارکان سیاسی آن بعد از سقوط صدام حسین باعث شده است عربستان سعودی همواره از نفوذ ایران در کشورهای عربی هراس داشته باشد واز کمرنگ شدن نقش خود در جهان عرب بیمناک بوده و با آن مقابله ‌کند.

12-  جزایر سه‌گانه ایرانی  در سال ۱۹۰۸ به طور کامل تحت اشغال بریتانیا به عنوان قیم رسمی امارات  در آمد اما تا سال ۱۹۷۱ هیچ یک از دولت‌های وقت ایران این اشغال را قبول نداشته و ابوموسی به همراه تنب بزرگ و کوچک در تقسیمات کشوری ایران قرار داشتند. در سال ۱۹۷۱ پس از توافق ایران و بریتانیا و پیش از خروج نیروهای نظامی انگلیس از منطقه و تأسیس کشور امارات متحده عربی، ابوموسی به همراه تنب بزرگ و تنب کوچک پس از نزدیک به ۷۰ سال شکایت های مداوم دولت ایران علیه اشغال گری انگلیس سرانجام به ایران بازگردانده شد. اما کشور های عربی به خصوص عربستان سعودی همواره ادعا های واهی در خصوص حاکمیت بر این جزایر مطرح می کنند.

 13- قیام مردم بحرین: شورای همکاری خلیج فارس ودر راس آن عربستان صعودی همواره ایران را به دخالت در اعتراض های مردمی علیه حکومت آل خلیفه متهم می کنند ولی هیچگاه به دخالت های مستقیم وحتی نظامی خود تحت عنوان نیروی" سپر جزیره" و نادیده گرفته شدن حقوق مردم اشاره ای نمی کنند.