در طی انقلاب سال 1978 میلادی توده‌های مردم موفق شدند ساختار حکومتی کشور را به اصول اسلام نزدیک نمایند اما متأسفانه پس از گذشته سه دهه هنوز خواص نتوانستند ریشه‌های فاسد تفکر الحادی را بخشکانند و نظام تعلیم و تربیتی برای رسیدن به حیات طیبه را پی‌ریزی کنند. حال‌آنکه نه‌تنها به‌درستی به‌نقد و واکاوی تفکر الحادی نپرداختیم بلکه ساده‌اندیشان در جهت ایجاب وضعیت مطلوب مسیر رو به کج‌راه پیموده‌اند و خیال کرده‌اند که اسلامی سازی علوم و دانشگاه‌ها تنها در تفکیک جنسیتی کلاس‌ها، ایجاد نمازخانه و درج بسم‌الله و آرم جمهوری اسلامی در کتاب‌ها می‌باشد.

اما گره اصلی جای دیگری است و با همانندسازی دانشگاه با مسجد و حسینیه، درد چندین ساله علاج نمی‌شود. اگر دانشگاه بخواهد اسلامي بشود، قبل از عالم و علم آموز باید به علم پرداخت، علمی که درگذر تاریخ از اصل خود که کشف حقیقت و پی بردن به معلوم بود دور شد و بشر علم را برای تصرف طبیعت به نفع خودش دنبال می‌کرد، در مرحله بعد علم به حس و تجربه محدود می‌شود و از درک هرآن چه به که در وادی مادیات و محسوسات نباشد بازمی‌ماند؛ آیه 55بقره؛ و چون گفتید: ای موسی ، تا خدا را آشکارا نبینیم، هرگز به تو ایمان نخواهیم آورد و درنهایت به انکار حقیقت و الحاد می‌انجامد. لذا با توجه به مطالب گفته‌شده چند نکته مهم در تحول علوم و اسلامی سازی دانشگاه‌ها را به‌طور خلاصه بیان می‌کنیم:
هنگامی‌که نگاه به انسان با نگرش و گرایش‌های مادی همراه باشد، انسان حیوانی است که حرف می‌زند و به‌تبع آن مرگ را پوسیدن است و نه از پوست به درآمدن. در اثر این رویکرد، تحصیل و طی طریق در علوم انسانی چیزی جز بررسی بیماری‌های مشترک انسان و حیوان نخواهد بود. نگاه ناقص این رویکرد از اشتراکات تولد انسان و دام تفسیر غلطی دارد و چون از مبنای الهی بهره‌ای نبرده است آیه 14 مومنون؛ سپس آن را آفرینش تازه‏اى دادیم، پس شایسته‏ى تکریم و تعظیم است خداوندى که بهترین آفرینندگان است و نیز آیه 29حجر؛ پس چون کار او را به پایان رسانیدم و از روح خود در او دمیدم انسان را به حیوان تنزل داده است و همه علوم انسانی را به هبوط کشانده است.
از دل دانش‌های تجربی‌ای که در قالب ماتریالیستی و تفسیرهای شکاکانه همواره تئوری‌هایی شکل می‌گیرد که حقایق دینی را افیون و افسانه دانسته و یا دین را همانند آرام‌بخشی برای زندگی دنیوی مفید می‌دانند. بر اساس مبانی اعتقادی که قائل هستیم، بُعد مادی عرصه‌ای از عرصه‌های عالم وجود است و نه تمام حقیقت عالم! بنابراین گذاره می‌توان به این نتیجه رسید که تجربه برای داوری در تمام موضوعات هستی صلاحیت لازم را ندارد. نفی حس‌گرایی به معنای انکار این دسته از راه‌‌های نیل به علم نیست معنایش اثبات سایر طُرق است. فراتر از حس و تجربه، ادراک نیمه مجرد ریاضی است و بالاتر از ریاضی، علم مجرد تام عقلی است و فراتر از تجرد تام عقلی، ادراک شهودی عارفانه است.
علوم در اینکه آیا جهان صاحبی دارد یا ندارد نیازمند علم دیگری هستند و آن علم فلسفه است. مهم‌ترین نکته در تحول علوم و اسلامی سازی دانش و دانشگاه توجه به فلسفه است و آنچه مانع نگاه یکسان ما به دانشگاه و مسجد و... می‌شود فلسفه است، فلذا اگر واعظ در منبر و مسجد، انسان مسلمان تربیت می‌کند. فلسفه هم اگر الهی شد علوم مسلمان و اسلامی تولید می‌کند. فلسفه از آغاز، انجام، مبدأ و معادِ انسان و جهان خبر می‌دهد و علت فاعلی و غایی موجودات را تعیین می‌کند و سایر علوم از این دو علت بهره می‌برند ازاین‌رو این دسته از علوم، افزون بر مطالعه افقی، به مطالعه عمودی نیز می‌پردازند. اما بسیاری از دانش‌هایی که در دانشگاه‌ها هست، علم نیست بلکه لاشه علم است! زیرا این علوم تنها به مطالعه افقی بسنده کرده‌اند و «هوالاول و هوالآخر» را در نظر نگرفته‌اند. 
همچنین در همه امور خصوصاً تحول علوم و اسلامی سازی دانشگاه‌ها باید توجه داشت که دچار خطای محاسباتی نشویم، به‌طور مثال در مواجهه با دانسته‌های غربی‌ها که در زمینه‌های گوناگون علوم انسانی پیشرفت‌های زیادی داشتند، نباید آن‌ها را یاد نگیریم یا کتاب‌هایشان را نخوانیم؛ ما آنچه بسیار مهم است توجه به این نکته است که تقلید نکنیم. استفاده از علوم انسانی که غرب ایجاد و تولید کرده یا گسترش داده ایرادی ندارد حتی لازم است یاد بگیریم، مگر نه اینکه «اطلبوا العلم ولو بالصّین»؟ اما اگر این یادگیری به دانایی، آگاهی و قدرت تفکر ما منتهی نشود مرتکب خطای محاسباتی شده‌ایم.
برگرفته از اندیشه‌های حضرت آیت‌الله جوادی آملی